「Deploy to Salesforce」機能はBoxが所有または管理する機能ではありません。

非管理型パッケージは、Salesforce組織にインストールするとアップグレードできなくなります。そのため、以後のアップグレードは、リポジトリをローカルで複製してIDEからクラスを更新することにより適用する必要があります。